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つくば遺伝子研究所

癌を始めとする様々な疾病、生物の形質は、ゲノムの中に刻印された遺伝情報が関わっています。この遺伝情報を解明する手段として、現在、DNAレベルの解析では、SNP(1塩基多型)を基にしたGWAS(ゲノム全領域を対象として相関解析)が中心となっています。RNAレベルの解析、遺伝子発現解析では、マイクロアレイ、リアルタイムPCRが用いられています。

最近、DNAレベルでは、SNPの解析コストが下がり、数年前から比べると、約10倍のSNP(60k~600k/ゲノム)が日常的に利用さるようになっています。その結果、GWASの解析精度は高くなりますが、高性能のコンピュータが不可欠です。RNAレベルでは、遺伝子の特定の領域だけをターゲットしたマイクロアレイ、リアルタイムPCR法から、エキソン単位で、発現全トランスクリプトの解析が可能となって来ました(網羅的解析)。

弊社では、DNAレベルの解析では、SNPによるジェノタイピング、GWAS解析、クラスター解析、STRUCTURE解析を提供しています。RNAレベルの解析では、RNAシークエンス、そして、それを用いて、遺伝子単位、そして、エキソン単位の解析を提供しています。用いるシステムとしては、TopHat2、STARです。結果は、Scatter plot、 MA plot、 Volcano plot、 Heatmap、クラスター解析、PCA解析、遺伝子単位、エキソン単位の発現、さらには、リアルタイムPCRに必要なエキソン配列を提供します。

弊社は、私たちが開発したPEDと呼ぶプログラムを用いて、ゲノムレベルで、細胞間差、例えば正常細胞と癌細胞とのゲノム配列の差異を検索するサービスを開始しました。また、遺伝子発現レベルで融合遺伝子からの発現の有無について検索するサービスを開始しました。

つくば遺伝子研究所は筑波大学/(独)農業生物資源研究所 (現:農研機構)発のベンチャー企業で、両機関から支援を受けています。

解析結果スライドショー

つくば遺伝子研究所で提供可能な解析結果グラフの例をご覧ください。リンクをクリックすると、より詳しい説明ページに直接移動します。

YouTube ギャラリー

つくば遺伝子研究所で実施した解析の実例を紹介します。

RNAシークエンスによる遺伝子発現解析

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RNAシークエンスとin silicoでの遺伝子発現解析により、遺伝子/エキソンレベルの網羅的な解析が可能となり、研究者は「完璧」に近い遺伝子発現情報を得ることが出来る。

後発薬(ジネリック薬)と先発薬

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後発薬(ジネリック薬)と先発薬では、同じ薬剤量でも、臓器での遺伝子の発現量に差異が見られる。つまり、ある意味、後発薬と先発薬では、生体での作用機序が異なると判断される。

培養細胞での融合遺伝子の生成状況

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細胞培養、細胞のがん化で、融合遺伝子が生じることは知られているが、RNA sequence dataから、融合遺伝子を探索した。2本の相同染色体での、融合遺伝子、融合の基となった遺伝子の発現について調べた。

iPS細胞の継代培養でおこる遺伝子の変化

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iPS細胞の継代培養の過程で、融合遺伝子が生じる可能性はあると考えられる。データべースに登録された、利用可能なiPS細胞のRNA sequence dataを用いて、融合遺伝子を検索した。

業務概要

サービス一覧

業績

  • Tomohiro Kurokawa, Keisuke Kohno, Kentaro Nagai, Mitsuru Chiba, Sugiru Pak, Soichiro Murata, Kiyoshi Fukunaga, Hiroshi Yasue, Nobuhiro Ohkohchi: Antisense RNA transcripts in the blood may be novel diagnostic markers for colorectal cancer. Oncology letters 07/2017; 14(3)., 10.3892/ol.2017.6572

お問い合わせ

事業の詳細についてはお気軽にご相談ください。

受託できる解析の例

系統樹

系統解析

塩基配列・アミノ酸配列はもちろん、形態などの表現型形質なども系統解析に利用できます。

広く用いられている系統樹構築手法としては距離行列法(NJ法、UPGMA法)・最大節約法・最尤法・ベイズ法などがありますが、これら全てに対応します。

多様な解析例

RNA解析

RNAシークエンス法で得られたシークエンスデータを利用し、遺伝子/エクソン単位での発現解析が可能です。

MA plot, scatter plot, volcano plotなど多様な解析結果を提供します。また、スプライシングバリアントの解析もできます。

DNA解析

DNAシークエンス
DNA抽出、シークエンシングを受託させて頂きます。150bp pair-endの解析でパートナー企業が行います。
SNP解析
パ-トナー企業で行います。具体的な金額は解析条件・為替などによって変動しますが、廉価で受託させていただきます。また、基本的には、1サンプルから解析可能です。
data image

in situ ハイブリダイゼ-ション用標識cRNAプロ-ブ

現在は、ターゲットとした遺伝子のORFの領域から、プローブに適した領域を選んで、in situハイブリダイゼーションを作製しています。しかし、トランスクリプト解析から、色々なトランスクリプトが産生されていることが判ってきました。同じ遺伝子内で、あるエキソンは、対照群で発現が高く、実験群では低くなってますが、他のエキソンでは発現パターンが逆転している場合が多く観察されます。従って、RNA発現解析を踏まえて、プローブ領域を選ぶ必要があると考えられます。

stained tissue image

臓器・組織アレイ

従来ターゲットとしてきたmRNAに加えて、近年は、miRNA、アンチセンスRNA等のnon-coding RNA(機能性RNA)についても、 その発現確認が、オリゴマイクロアレイを用いて進められてきており、 薬剤の作用、遺伝形質の解析に必須な実験となっています。 この解析をさらに進める次の段階として、 目的遺伝子の発現部位を、臓器・組織内のどの部位か、さらには、細胞単位で調べることは必要不可欠となるでしょう。 弊社では、その解析に必要な動物種の臓器・組織アレイを提供致します。

実験のコンサルティング

研究を企画し実施する場合、最も一般的な実務の流れとしては、 (1)動物の導入、飼育、(2)薬剤投与、(3)適切な飼育および生体組織の摘出、(4)組織切片の作製、そして、 (5)遺伝子発現解析という過程を踏むことになりますが、 そのためには、適切な施設構築 、研究者のトレ-ニング等克服しなければならない問題があり、 計画してから、解析が順調に進み始めるまで、平均して半年、中には1年以上もかかる場合もあるのが現状です。

ご要望によっては、これらに必要な期間を短縮し、計画から研究成果を得るまでの作業を円滑に進めるための支援も致します。 或いは、アウトソーシングとして受託解析だけも承りますし、必要なら論文等の作成も支援をさせて頂きます。