DNA解析について
DNAシークエンス
DNA抽出、シークエンシングを受託させて頂きます。150bp pair-endの解析でパートナー企業が行います。
SNP解析
パ－トナー企業で行います。具体的な金額は解析条件・為替などによって変動しますが、廉価で受託させていただきます。また、基本的には、１サンプルから解析可能です。
下記のSNPチップが利用可能です。
| Analysis | Number of SNPs | Minimum number of samples per analysis | Comments | |
|---|---|---|---|---|
| SNP chips | GGP Bovine uLD | 10K | 1 | No longer available |
| GGP Bovine LD 50K | 50K | 1 | ||
| GGP Bovine HD150K | 150K | 1 | ||
| GGP Bovine F-250 | 24 | |||
| Illumina Bovine 7K | 1 | No longer available | ||
| Illumina Bovine 50K | 24 | |||
| Illumina BovineHD 800K | 8 | |||
| GGP Porcine 8.5K | No longer available | |||
| GGP PorcineHD 50K | ||||
| Illumina PorcineSNP60 | 24 | |||
| Illumina Equine65K | 24 | |||
| Illumina CanineHD 230K | 24 | |||
| Illumina GoatSNP50 BeadChip | ||||
| Illumina MaizeLD 3K | ||||
| Illumina MaizeSNP50 | ||||
| Illumina OvineSNP50 | 24 | |||
| Illumina OvineHD 600K | 12 | |||
| Affymetrix® Axiom® Chicken | 96 | |||
| Affymetrix® Axiom® Equine HD | 96 | |||
| Affymetrix® Axiom® Plant | ||||
| Apple | 96 | |||
| Cotton | 384 | |||
| Maize | 96 | |||
| Rice | 96 | |||
| Soybean | 96 | |||
| Strawberry | 96 | |||
| Wheat HD | 96 | |||
| Wheat Breeders | 384 | |||
| Affymetrix® Axiom® Porcine | 96 | |||
| Affymetrix® Axiom® Trout | 96 | |||
| Affymetrix® Axiom® Salmon | 96 |
SNPデータを用いた解析
GWAS(Genome Wide Association Study)：全ゲノム領域でのSNPと形質の相関解析
集団のゲノム構造（構成）の解析（STRUCTURE）
個体の遺伝的近縁度解析
個体別のSNP構成に基づく主成分分析
ゲノム変異解析 coming soon
細胞(株)間で、ゲノム構造がどのように変化しているかを解析します。例えば、正常細胞と癌細胞の差異、IPS細胞等の株細胞の継代による差異の解析ができます。これまでは、GATK、Samtools、Pindel等のソフトを用いて解析が行われてきましたが、我々は新たなソフトを開発し、それを用います。このソフトは、改変した人工ゲノムと元のゲノム配列を用いた解析で、検出感度、正確度が高いことが証明されています。
現在、特許を申請し、論文を投稿しています。もうしばらくお待ちください。